高性能计算机研究中心(High Performance Computer Research Center，原国家智能计算机研究开发中心)成立于1990年3月，成立之初依托在中国科学院计算技术研究所，是为实现国家863高技术计划而组建的研究开发实体，其宗旨是研究和开发我国自主的高性能计算机系统。
中心自成立以来承担了一系列国家863重大项目、95攻关项目、973项目，先后完成了曙光1号、曙光1000至曙光6000等一系列高性能计算机系统，屡获国家级奖励，并在推广应用和产业化方面取得重要进展。
1. 曙光一号是国内研制的第一台全对称共享存储多处理机系统，获电子部1993年电子十大科技成果、1994年中国科学院科技进步奖特等奖、1995年国家科技进步奖二等奖，并被写入94年全国人大政府工作报告。
2. 曙光1000是国内研制的第一套大规模并行计算机系统，它的峰值速度达到25亿次/秒，实际运算速度达到15.8亿次/秒。该系统研制成功后，我国用曙光1000建设了一批国家高性能计算中心(包括北京、合肥、成都和武汉)，后续机型曙光1000A出口至喀麦隆，产生了良好的国际影响。曙光1000获1996年中国科学院科技进步奖特等奖，1997年国家科技进步奖一等奖。
3. 曙光2000是国内率先采用松耦合分布式存储的可扩展机群体系结构的超级服务器，它的峰值浮点运算速度为每秒1100亿次，获2000年中国科学院科技进步奖一等奖，2001年国家科技进步二等奖。
4. 曙光3000超级服务器运算速度达4032亿次/秒、内存总量达168GB，成为我国当时性能最高的国产超级服务器系统。该系统广泛采用国际标准，性能价格比远高于国际同类产品，整体上达到了当前国际先进水平，部分技术如跨平台机群操作系统等达到国际领先水平。曙光3000被评选为2001年中国十大科技进展，并获得了2003年国家科技进步奖二等奖。
5. 曙光4000L不但具备百万亿字节数据处理能力，而且在支持数据密集应用的技术上实现了多项重大突破，被评为2003年中国十大科技进展。在2004年6月发布的第23届Top500排行榜上，曙光4000A以8.06万亿次/秒的Linpack值排名第十，使中国成为继美国、日本之后第三个能制造10万亿次商品化高性能计算机的国家之一，被评为2004年中国十大科技进展。曙光4000系列研制集体获得了2005年中国科学院杰出成就奖，曙光4000系列获得了2006年国家科技进步奖二等奖。
6. 曙光5000A高效能计算机在2008年11月发布的第32届Top500排行榜上，曙光5000A以180.6万亿次/秒的Linpack值再次跻身世界超级计算机前十，这也是Top500排行榜上除美国外世界上最快的计算机系统。曙光5000A被评为2008年中国十大科技进展。
7. 曙光6000(星云)高效能计算机采用了基于多核CPU和高性能GPU加速器的混合架构，实现了高效异构协同计算技术，是国内首台实测性能超千万亿次的超级计算机。在2010年5月发布的第35届TOP500排行榜上，曙光星云以1.27千万亿次/秒的Linpack值排名第二，这是当时我国的高性能计算机系统在该排行榜上的历史最好成绩。
高性能计算机研究中心目前的科研工作主要集中在高性能计算机系统结构、系统软件、高性能并行算法、高性能计算应用、可重构加速计算等几个方向。中心在承担国家科研项目的同时，为国家培养了一大批优秀的计算机人才，很多人已成为企业技术骨干，或成为计算机专业的学术带头人，或走上了领导岗位。今后，中心将一如既往地以满足国家战略目标为己任，为企业提供产业共性技术，努力成为国内高端计算机产业的主要技术源头，为我国高性能计算机的发展做出新的贡献。
